ファイル名を比較する場合は，両方のファイル名を #大文字列 か #小文字列 で変換してから比較してください。
長いファイル名が扱えるようになってから，#ファイル名 などで取得されるファイル名は大文字と小文字が区別されています。#大文字列 または #小文字列 などで両方とも大文字あるいは小文字にしてから比較してください。
#大文字列($file1) = #大文字列($file2)